Die Fondation Beyeler gewinnt als Produzentin kultureller Veranstaltungen an Bedeutung. Die Tätigkeiten ausserhalb der Fondation Beyeler sind einerseits der Leihverkehr mit Werken aus der Sammlung, andererseits Produktionen im Bereich zeitgenössischer Kunst. Während der Art 40 Basel wurde 2009 die von Hans Ulrich Obrist, Rirkrit Tiravanija und Philippe Parreno unter Beteiligung einer Auswahl der wichtigsten zeitgenössischen Künstler inszenierte Künstleroper "Il Tempo del postino" im Theater Basel mit grossem Erfolg aufgeführt. In Zusammenarbeit mit dem Theater Basel und der Art Basel fungierte die Fondation Beyeler als Koproduzentin.
Von zunehmender Bedeutung für die Fondation Beyeler ist – in künstlerischer und finanzieller Hinsicht – auch die Koproduktion bei Ausstellungsprojekten, sowie die Weitergabe der eigenen Ausstellungen. In der Regel fragen andere Museen bei jeder Ausstellung der Fondation Beyeler an, ob diese übernommen werden kann. Leider scheitert dies oftmals an der komplizierten Leihgebersituation. Manchmal gelingt es aber auch: Die Ausstellung „Jenny Holzer“ ist als Koproduktion mit dem Museum of Contemporary Art in Chicago entstanden und hat im BALTIC Centre for Contemporary Art, Gateshead, Station gemacht. Die Rousseau-Ausstellung wurde im Museo Guggenheim, Bilbao, gezeigt. Die Basquiat-Retrospektive reiste weiter an das Musée d’art moderne de la Ville de Paris. Mit der Ausstellung „WIEN 1900 – Klimt, Schiele und ihre Zeit“ ist eine Kooperation mit dem Leopold Museum in Wien entstanden. Im Gegenzug zu bedeutenden Meisterwerken aus der Sammlung Leopold, von denen manche noch nie für Ausstellungen geliehen wurden und die in die Wien-Ausstellung integriert werden konnten, zeigte das Leopold Museum erstmals in Österreich einen repräsentativen Querschnitt der Sammlung Beyeler.
Auch mit den Projekten, die die Fondation Beyeler zeitgenössischer Kunst widmet, werden internationale Kooperationen eingegangen. Eine grosse Wanderretrospektive des Künstlers Felix Gonzalez-Torres wurde vom Wiels Contemporary Art Centre, Brüssel, in Zusammenarbeit mit der Fondation Beyeler, dem Museum für Moderne Kunst, Frankfurt am Main, und der Felix Gonzalez-Torres Foundation, New York, organisiert. Sie umfasste Werke, die bislang nur selten zu sehen waren, sowie bekanntere Gemälde, Skulpturen, fotografische Arbeiten und Projekte im öffentlichen Raum.